如果說厚墊料的制作是EM菌發酵床零排放養豬技術關鍵的話，那么厚墊料的維護管理則是該技術的核心所在，是決定應用該技術養豬成功與否。

　　經4—7天發酵，溫度達70 度左右 “腐熟” 的墊料根據不同的季節、豬群所需厚度攤開，并用預留的10%未經發酵的谷殼、鋸末覆蓋，厚度約10厘米，間隔24小時后即可進豬飼養。那么，豬進去后，墊料該如何維護管理呢?

墊料表面不起灰塵時，豬關進第一周不要去管它，觀察豬排糞拉尿區分布情況；

　　一周后，每周調整墊料1-2次。

　　a) 若墊料太干，灰塵的出現，說明墊料水份不足，應根據墊料干濕情況，與表面噴灑些水份；

　　b) 用叉把特別集中的豬糞分散開來；

　　c) 在特別濕的地方加入適量新的鋸末、谷殼，鋸末、谷殼各一半，加5%EM菌。

　　d) 用叉子或便攜式犁耕機把比較結實的墊料翻松，把表面凹凸不平之處弄平。

　　到50日的時候上下全面翻弄

　　從放豬之日起50天，大動作地翻墊料一次。

　　a) 在豬房內搬入小型挖掘機或鏟車，在糞便較為集中的地方，把糞尿分散開來，并從底部反復翻弄均勻；

　　b) 水分很多的地方添加一些鋸木粉未、谷殼；

　　c) 看墊料的水份決定是否全面翻弄。如果水份偏多，氨臭較濃，應全面上下翻弄一遍。看情況可以適當補充米糠與EM菌混合物。

　　豬出欄后

　　a) 豬全部出欄后，最好墊料放置干燥2-3日；

　　b) 小型挖掘機或鏟車將墊料從底部反復翻弄均勻一遍，看情況可以適當補充米糠與EM菌飼料添加劑混合物，重新堆積發酵；

　　c) 谷殼、鋸末覆蓋，厚度約10cm，間隔24小時后即可再次進豬飼養。